mFISH能在一次雜交實驗中篩查所有染色體，并不需要預先知道其核型異常。由于它是通過多次雜交實驗找到每條染色體探針的*佳熒光位置，一旦探針構成參數建立了，那么每次雜交的變異就很小，因此可以獲得高度的重復性。mFISH能對中期染色體分裂相進行快速分析，即使有很復雜的大量染色體的重排，也能很快分析出；特別對一些未知來源的標記染色體，能很快根據顏色確定其來源；mFISH更能提供全自動核型分析既克服了常規核型分析的缺點，又具有部分FISH的優點，有其獨特的應用價值。
mFISH用于染色體核型分析，可以鑒定數目異常，一些結構重排，例如簡單和復雜結構易位，比較大的重復和缺失及一些臂間倒位也能簡單鑒定出，重要的是mFISH相對于核型分析來說是全自動，節省了勞力與時間。
在核型分析中，確定斷裂點也很重要，mFISH可以作為染色體數目異常及一些結構改變的篩選實驗，然后用片段長度分析和染色體帶型轉換圖確定其斷裂點。
但是，mFISH用于核型分析不能檢測臂內倒位、一些臂間倒位、小的重復及缺失(微缺失綜合征)，用于檢測隱匿的端粒易位的敏感性還未確定，對于一些中間丟失的斷裂點的確定，只能靠傳統核型分析。為了使mFISH技術更完善，需要設計位置特異性探針，如臂、帶或端粒特異探針。人類基因物理圖譜的建立及染色體顯微切割技術的發展將大為便利探針庫的建立，并能應用于特殊診斷。
腫瘤細胞遺傳學及標記染色體的鑒定
mFISH用于腫瘤細胞遺傳學分析可以發現新的染色體異常，如白血病、**瘤及難以進行常規分析的實體瘤的染色體畸變。白血病和**瘤中*多見的是染色體易位，用傳統核型分析和FISH已經進行了深入細致的研究。其中有一些相互易位的遺傳物質及條帶十分相似，用常規方法不能分析出。如t(12;21)易位發生在至少25%的兒童B系急淋患者中，但是由于相互易位染色體的帶型與大小很接近，常規細胞遺傳學方法的檢出率還不到0.05％。那么還有多少未知的染色體畸變不能用常規方法檢出，因而也不能用FISH定位。在這方面，用24色FISH將能大大提高檢出率。同樣，至今我們仍不知道有多少白血病患者有正常的染色體核型(多數實驗室報道約15%～20%)，mFISH的應用可能為回答這一問題提供有力的手段。
許多腫瘤有著十分復雜的染色體重排，這些重排染色體被稱為標記染色體(marker chromosome)。mFISH在確定標記染色體的來源方面有著突出的優點，根據標記染色體上不同的顏色能很快確定其來源。Speicher等用mFISH分析了鱗狀細胞肉瘤細胞系HTB43，很快地確定了其標記染色體的結構重排和各自來源。可以預見，mFISH與常規核型分析聯合應用將會使惡性腫瘤染色體異常的診斷達到****的準確。
生物學研究 mFISH可用于種間進化研究，通過比較細胞遺傳學來檢查種系發生，分析染色體結構域及它們的相互關系，特別可以用于檢查不同物種染色體序列的同源性程度，在植物、生物進化、農業研究中起到重要的作用。mFISH還能用于間期細胞遺傳學研究，檢測基因的擴增，分析核內組織，定義染色體結構域或多基因家族，確定細胞周期及**階段，為染色體結構和功能研究提供新的信息。
總之，mFISH能應用于臨床研究、腫瘤診斷和科研等各方面，有其獨特的適用范圍及優點。它將是傳統細胞遺傳學*好的補充。FISH的出現，使細胞遺傳學進入了一個彩色的時代，而mFISH將是這個時代中又一重要的標志。可以預見的是更多的色彩將同時出現在一張標本上，為我們提供更多的細胞遺傳學信息。
